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PAST：最简便易用的统计学分析软件教程（二十六）----NMDS
本系列教程基于windows版本的PAST 3.0软件进行。
软件下载地址：扫描下方二维码，提取码：i274。
下载后的软件无需安装，双击“Past3.exe”即可打开软件进行使用。
NMDS
非度量多维尺度分析 (NMDS) 是一种将多维空间的研究对象简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。
适用于无法获得研究对象间精确的相似性或相异性数据，仅能得到它们之间等级关系数据的情况。
NMDS分析所需数据与PCA和PCoA分析一致，选择数据后，点击Multivariate按钮下Ordination标签中的Non-metric MDS选项通过不同的相似性或距离算法，将样品数据在一个2D或3D的坐标系统中进行展示。
Scatter plot
Scatter plot一栏为NMDS的图像，坐标轴的刻度并不是样品间的绝对相似性和距离，而是相对相似性和距离，也就是具体的数值没有意义，数值之间的比例才有意义。
在Similarity index中选择计算方法：
在Dimensionality中选择图像时2D还是3D，如选择3D，则可以在Plot axes中选择图像为1+2轴还是2+3轴模式。
Environmental variables中可以将原始数据中的前n列设为环境变量，在图像中以直线的形式显示，其它选项与PCA一致。
Scores
Scores一栏中为各样品NMDS的具体得分，也就是绘图所应用的数据。
Shepard plot
Shepard plot一栏为对分析结果的质量评估，最好的结果为所有的点均在x=y的直线上，Stress值越小越好，R2为沿着坐标轴的不同样品的距离或相似性与原始的距离或相似性的相关系数。